微生物検査室では、各プラントで製造されたクリクラ水が飲料水基準を満たしている事を確認します。また、製造工程ごとに設定している水質管理値が守られていることも確認しています。これらを調べることにより、より安全な製造工程を確保しています。
具体的には、一般細菌，大腸菌群，真菌などのコロニー数測定とともに、形状観察による微生物学的検査による衛生検査を行います。

微生物には、主に以下の機器が設置されています。
実体顕微鏡、クリーンベンチ、インキュベーター、オートクレーブ、自動コロニーカウンター

ボトル検査室では、使用しているボトル材質の温度，薬品，紫外線などに対する、耐久性あるいは耐衝撃性に関する基礎データを調査します。また、クリクラ水を長期間保管された場合を想定した負荷試験によりボトル材質からの微量溶出量を測定し、製品の安全性を確保します。
また、ボトルの殺菌・洗浄条件（温度、水量、薬品濃度、噴射角度など）の最適化を洗浄試験機（1階設置）を用いて行い、実際に使用する装置に反映させます。

サーバー検査室では、主にサーバーメンテナンス時の検査項目や洗浄方法についての基礎データを採取します。特に、サーバーは色々な環境下で使用される為、菌の管理は重要であり、日常管理、定期管理における効果的な方法の開発を行います。

官能検査室では、臭いに対して「官能評価」という手法を用いて製品の評価を行っています。
臭いは、味とともに美味しいと感じる大きな要素となっています。その為、通常では感じられない臭いを感じた場合には、"何から"感じるのか原因の解明も行っています。

理化学検査室では、原水および製品水中に含まれている放射線物質の選定および放射線量の測定を行っています。
測定に使用する計器は、液体の放射線量を測定する放射線モニターと、空気中の放射線量を測定し放射線物質の種類を選定するガンマスペクトロメーターの二種類があります。
原水とクリクラ水の放射線量を定期的に測定することにより、より安全な製品をお届けすることを目指しています。

クリクラ水に放射線物質は確認されませんでした。
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